El CCT Nordeste posee nueve institutos de investigación distribuidos en la región del nordeste argentino, de los cuales seis son de doble dependencia entre la Universidad Nacional del Nordeste (UNNE) y el CONICET y tres entre la Universidad Nacional de Misiones (UNaM) y el CONICET.

Corrientes:

Instituto de Botánica del Nordeste (IBONE)

Centro de Ecología Aplicada del Litoral (CECOAL)

Instituto de Modelado e Innovación Tecnológica (IMIT)

Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino (IQUIBANEA)

Chaco

Instituto de Investigaciones Geohistóricas (IIGHI)

Instituto de Investigación para el Desarrollo Territorial y del Hábitat Humano (IIDTHH)

Misiones

Instituto de Biología Subtropical (IBS)

Instituto de Materiales de Misiones (IMAM)

Instituto de Estudios Sociales y Humanos (IESyH)